マグネトバクテリアのゲノム上にスマイル・マークのコードが2か所あることを発見したレイチェルは、それに挟まれた部分の配列を分析するが、困難を極める。一方、デビッドはウェストンとともにオーフランダー・ドックハイマー社に乗り込む。同社がタンタルを研究しているノーザン・スカイに投資していることが分かったからだ。交錯する過去の事件の記憶、陰謀…そしてボブが連れ去られる…。
以下ネタバレ注意
ボブが夜道を歩いていると、交通事故現場に遭遇。
パニックになるボブ。
メイコが「大丈夫！」と言い聞かせ、少し落ち着く。
デビッドの帰宅後、話をすると、治療をストップするべきだと言う。
ボブが寝た後、デビッドがインターネットで調べ、Turnbull博士に電話をかける。
今回のボブの症状は、ウィルスが送り込んだsiRNAが、特定のNT受容体を止め、軸索は無事成長したが、一部のウィルスが間違った方向へ向かってしまったのだろうと話す。
修復されたの視神経を伝って、脳のヤコブソン器官に入り込み、フェロモン感知器官が活性化され、相手の感情を嗅ぎ取ったり出来るようになったのだとデビッドは考えた。
レイチェルは、マグネトバクテリアのゲノム上にスマイル・マークのコードが2か所あることを発見。
ボブ、メイコ、デビッドはＮＹの博士のもとへ。
ＮＹのデビッドのもとにウェスから電話が。
オーフランダー・ドックハイマー社がノーザン・スカイに投資していることがわかったと話す。
デビッドとウェスは、オーフランダー・ドックハイマー社のマイヤーブリッジのもとに。
彼は、ノーザン・スカイに投資し、マグネトバクテリアを使い、金属（タンタル）を抽出する研究をさせていたと話す。
コンゴやオーストラリアなどから掘削している。
あるマグネトバクテリアをタンタルと結合するよう遺伝子操作をする研究をしており、タンタルを安く抽出するための研究だと説明。
しかし、2005年5月にこのプロジェクトは中止になっていた。
マイヤーブリッジは、カール・リドルマイヤーと親しいとも話す。
オーフランダー・ドックハイマー社を出た後、ウェスのもとに国税庁に勤める友人からメールが入る。
例のリドルマイヤーの会社は、船とトラックの運送会社だった…。
デビッドが帰宅すると、抗ウィルス剤を打った後もボブの感受性は強まっていた…。
翌日、ノーバックに出社するとデビッドの部屋にマイヤーブリッジがやってきていた。
マグネトバクテリア汚染について聞きに来たという。
オーフランダー・ドックハイマー社に行ったことも知っていた。
100万台のコンピューターのバッテリーに爆発の可能性があるとリコールされ、他にもコンピューター75万台もリコールされていると説明、デビッドが知っていることを教えて欲しいと言う。
デビッドは、この細菌のゲノム上にある二つのスマイルマークの間にＤＮＡシーケンスを見つけたと言って説明をはじめると、何かひらめいたらしく、リコールされているバッテリーやＭＰ３プレーヤーを送るよう言い、部屋を飛び出す。
デビッドは、レイチェルとカルロスを呼び、スマイルマークの間にあったアミノ酸の略語を黒板に書き2人に読めと言う。
「Ｈｉ！デビッド、僕を殺して、メタンガスで」という文章になっていた。
誰かがデビッドの駆除方法を知らせていたようだ。
早速、メタンガスでの分析を開始、すぐに効果が出た。
すると、ウェスのもとにタイタス・マイヤーブリッジが亡くなったという連絡が入る。飛行機事故だった。
しかし、計器の故障というが、コントロールパネルの計器がショートしたのでは？とデビッドは考えた。
マイヤーブリッジは、何者かに殺されたのでは？
Turnbull博士からデビッドに連絡が入る。
目の奥の細胞ではウィルスは複製しておらず、他のダメージもないという。
しかし、ボブのヤコブソン器官は活発になってきた。
そこでデビッドは、ウィルスによる休眠遺伝子の活性化ではないかと話す。
ボブは、遺伝的に進化してしまったのではないか？
博士は、脳の検査が必要だというが、デビッドがタイタス・マイヤーブリッジが亡くなってしまい、研究資金援助がなくなるのでは？と心配するとオーフランダー・ドックハイマー社の創始者、オリビエ・ロスが援助を続けるくれるという。
デビッドの電話を切った後、Turnbull博士は何者かにボブの件で報告する。
ボブが1人でデビッドの家でくつろいでいると、何者かがやってきた。
危険を察知し、逃げ惑うボブ。
自分と一緒に来て欲しいという男性。
ボブは、その男性に従うことに。
デビッドとメイコは、ボブがいなくなったことに気づき、ウェスが警察や移民局に連絡をする。
デビッドは、Turnbull博士の資金援助をしているオーフランダー・ドックハイマー社が黒幕だと考えるが、ウェスがオーフランダー・ドックハイマー社は破産手続きに入っているという。
デビッドが、創始者のオリビエ・ロスが資金援助を続けてくれるはずだと言うと、メイコがロビー・マケインの奥さんの旧姓がロスだったと言う。
慌ててメイコが詳細を調べることに。
マイケルの調査で、マイヤーブリッジの乗った飛行機は、マグネトバクテリアだらけだったとわかる。
その上、スマイルマークがどこにも見当たらず、メタンガスでも死なないという。
メイコの調べで、レスリー・ロスの父親はオリビエ・ロスだったことが判明。
5ヶ月前に失踪していた。
カール・リドルマイヤーからレイチェルに電話が入る。
大統領に呼ばれたようだという。
デビッドとレイチェル、ウェスで彼と会うことに。
ボブのことは知らないという。
タイタス・マイヤーブリッジには貴重な金属に投資しないかと誘われたという。国務省の記録を改ざんしたことも認めたが、マグネトバクテリアについては関係ないと言う。
実は、タイタス・マイヤーブリッジと同じ飛行機にリドルマイヤーも乗るはずだったという。自分も殺されるところだったと話す。
オリビエ・ロスの居場所も知らないという。
無駄足だったと去るデビッド達。
ボブは、オリビエ・ロスの家に。
自分の娘は、科学者のレスリー・マッケインだと話す。
問題の根源は、人間そのものにあると気づいたと言い、我々は人類を変え、進化させることが出来るという。ボブの脳の肝細胞で…。
Turnbull博士は行方不明になったとウェスからデビッドに連絡が入る。
オーフランダー・ドックハイマー社は、封鎖されていて中には入れなくなっていた。
ボブからデビッドに電話が入る。
自分は無事で、世界が変わり始めると言い、ヤコブソン器官から肝細胞を取って、新しい人類のために使うと言い、オリビエ・ロスに電話を変わる。
ボブは、脳手術を受けることに。
～つづく～
ボブー、何故オリビエ・ロスの言いなりに！？
それはヤコブソン器官の進化が原因なのか。
ボブはどうなってしまうのでしょうか？
さよなら、デビッドということは、死を覚悟しているということ？
実際、人間のヤコブソン器官が進化した例というのはあるのでしょうか？
テレパシーは、ヤコブソン器官が進化した人とか？
そして、リドルマイヤーたちは誰に殺されようとしたのでしょうか？
オリビエ・ロスなのでしょうね。
娘を亡くし、危険な思想の持ち主になってしまった億万長者。
一番やっかいかも。
もやもやした気持ちだけが残った。
どうなるシーズン４！
